圍繞蟹黃堡的神秘配方,痞老板和蟹老板展開了新一輪的戰爭。雖然海綿寶寶成功挫敗痞老板的猛烈攻勢,但是卻依然中了對方的詭計。關鍵時刻,配方憑空消失,直接后果便是導致沒人能再做出蟹黃堡。對于日常極度依賴蟹黃堡的比奇堡的居民來說,這一消息無異于晴天霹靂。小鎮的寧靜蕩然無存,海底世界陷入末世般的混亂與動蕩之中。由于搭救了痞老板,海綿寶寶被大家當作叛徒對待。危機時刻,海綿寶寶、派大星、痞老板、蟹老板、松鼠珊蒂、章魚哥得以穿越時空,并順著蟹黃堡的香味來到了人頭攢動的沙灘上。在那里他們遇見了利用詭計偷走秘方的胡子海盜(安東尼奧·班德拉斯AntonioBanderas飾),于是一場蟹黃堡的攻防戰由此展開……