TV2003重制版,是為慶祝EVA企業十周年而重置的版本,畫面和音效都有提升。在TV95版的基礎上重制了21-24四話重制的部分稱作“Video”。加上原有的26集,03版共26話,一共30集。這個版本中21與22,23與24,25與26,27與28都是相同的內容。只不過21,23,25,27和原來一樣,而22,24,26,28中增添了一些新的東西。突襲世界的大災難“第二次沖擊”后,世界在廢墟之上重建。14歲的少年碇真嗣被父親碇元渡叫到第3新東京市。本以為能見到父親迎接的他,卻見到名為“使徒”的巨大生物與軍隊交火。危急之下,特務機關NERV的葛成美里將真嗣救下,并將其帶往碇元渡所統領的NERV總部。但迎接真嗣的,卻是是父親冷酷地命令:駕駛稱為“EVA”的巨大人型機器人與使徒戰斗。本已表示拒絕的真嗣,看到重傷的替補駕駛員綾波麗后,決定遵從父親的命令。就這樣,從未受過作戰訓練的真嗣,準備駕駛EVA初號機迎戰使徒。不斷襲來的使徒,身份不明的綾波麗,從德國來的駕駛員惣流·明日香·蘭格蕾,14歲的少年要面對遠超自己能力的挑戰。而碇元渡不動聲色地觀察一切,一個稱為“人類補完計劃”的神秘計劃正在按照他的計劃實現。