本作主人公岡部倫太郎(宮野真守配音)是個患有嚴重中二病的大學生,自稱為“鳳凰院兇真”的他和伙伴們組成了“未來發明研究所”,在位于秋葉原的一個簡陋實驗室內進行各種古怪發明和調查。2010年7月28日這天,岡部和青梅竹馬真由理(花澤香菜配音)一同去了科學講義會場,在那里,他們遇見了天才少女牧瀨紅莉棲(今井麻美配音)。讓人意想不到的事情發生了,岡部在會館樓道內聽到一聲慘叫,他聞聲而至,發現了倒在血泊中的牧瀨。岡部用手機短信將這件事告訴好友橋田至,這個舉動,讓世界都顛覆了。實驗室里那個所謂的“未來道具”,竟然真的可以左右世界的進程,岡部自此成了孤獨的觀測者。這一切都是命運石之門的選擇。